中心实验室各楼层以及各主要实验室均安装了红外线防盗报警器和应急灯。在实验室的建设过程中，实验室严把工程质量关，对实验室的实验设备、电气设备、供电线路和网络建设等，均严格按照国家有关规范进行施工和安装，按照国家相关质量技术标准进行验收。每个实验室都挂有实验室规则和相关的规章制度。对重要的实验仪器旁都附有仪器使用说明和操作提示。实验室的消防、安全等应急设备和措施完善，对一些突发事件都制定了应急处理预案。在教师和学生进入实验室进行首次实验课时，首先要开展师生安全教育，学习有关安全规章制度。对防火、防盗、安全用电、贵重仪器保管使用以及实验室卫生等做出明文规定，严格要求，有效的保证了实验室的安全管理与运行。

实验中心还建设了一套功能齐全的、维护简便、安全性高的智能化的管理系统。实验中心各机房电脑实行服务端与管理端分离，设置多级别管理系统，管理人员可对所各实验室电脑及部分设备实现远程管理和监控。

实验室在正常运转中，时刻注意遵守国家有关安全和环保法规，专门在实验内容中安排让同学们自己进行清洁卫生工作，并对实验室通风和空气净化进行处理。

参照国家有关安全生产的有关法规条例，制定了《实验室安全制度》，并责任到人，实验室自成立以来，未发生过重大安全事故。